Het SCO-Kohnstamm Instituut is verzelfstandigd en voert onderzoek in opdracht van derden uit. Sommige medewerkers vrezen dat de band tussen vraaggestuurd en fundamenteel onderzoek, dat uitgevoerd wordt door de universiteit, verbroken wordt. Integendeel, zegt de decaan van de faculteit, ‘samenwerking is een van de uitgangspunten’.